公司设立协议是公司的发起人为共同的成立公司的目的而签订的协议，设立协议的目的在于确定所设公司的基本性质和结构，协调发起人之间的关系及其权利和义务。而公司章程是确定公司权利、义务关系的基本法律文件，是公司对外进行经营交往的基本依据，也是公司进行自治管理的基本依据。
设立协议与公司章程联系：
设立协议所约定的公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式、组织机构、公司终止等事项，通常也是公司章程的法定记载事项。
设立协议与公司章程区别：
设立协议只在发起人之间具有法律约束力，根据合同或协议的相对性，设立协议既由全体发起人订立，调整的是发起人之间的关系。而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的新股东。从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系和法律行为，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止；而公司章程的效力则及于公司成立后整个的存续过程，直至公司完全终止。设立协议是任意性文件，虽然公司发起人通常都会订立此种协议。但除了中外合资公司和中外合作公司外，法律并不强求当事人一定要订立设立协议；而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。设立协议是当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求，是不要式法律文件；而公司章程除反映当事人的主观要求之外，更反映和体现法律对公司内外关系的强制性要求，是要式法律文件。
